Studenten Life Sciences ontwikkelen app voor Prinses Máxima Centrum

Bas van Gestel, docent Life Sciences: “Data science wordt steeds belangrijker in het werkveld. We willen er daarom een specialisatie van maken. Het is belangrijk dat studenten binnen die specialisatie veel praktijkervaring opdoen. Daarom hebben we het Data Science Projecticum ontwikkeld.” De opdrachten komen van praktijkpartners. Een van hen is het Prinses Máxima Centrum, met bio-informaticus Sander van Hooff als opdrachtgever: “We zijn in overleg met de opleiding tot een haalbare opdracht gekomen, maar wel eentje die een echt praktijkprobleem aanpakt. Ik heb het zelf aan de studenten voorgelegd en die waren enthousiast. Het was leuk te zien dat veel van hen voor ons project kozen.”

Student Life Sciences Lars de Groot: “We hebben dit project uiteindelijk met drie mensen uitgevoerd: Bas Koppenaal, Daniël Roodzant en ik. De opdracht had te maken met een specifieke onderzoeksmethode van het Prinses Máxima Centrum. Ze nemen daarbij een biopt van een tumor en kweken die op zodat ze voldoende hebben om er heel veel verschillende medicaties in verschillende concentraties op los te laten. Zo kunnen ze zien welke medicatie en dosering bij deze specifieke tumor bij deze specifieke patiënt het beste aanslaat, met zo min mogelijk bijwerkingen.”

Deze tests worden geautomatiseerd uitgevoerd en leveren een enorme hoeveelheid data op, die automatisch wordt verwerkt en geanalyseerd. Alleen de metadata-bestanden, dus de bestanden waarin staat bij welke behandeling welke onderzoekscijfers horen, moeten handmatig worden samengesteld, vertelt Lars. “Een tijdrovend en relatief foutgevoelig werkje. Terwijl die bestanden heel belangrijk zijn. De opdracht was om dit proces te verbeteren.”

De studenten onderzochten hoe de metadata-bestanden precies zijn opgebouwd. Op basis van die analyse ontwikkelden ze een app die het aantal handelingen zo ver mogelijk omlaag brengt. “Daarmee is de kwaliteit flink verbeterd en zijn mensen veel minder tijd kwijt met het maken van die bestanden”, vertelt Lars. “Het is niet bij een papieren oplossing gebleven: we hebben een werkende versie van de app opgeleverd.”

Docent Bas van Gestel: “De studenten werken in het Data Science Projecticum zelfstandig samen met de externe partner. Als docent hebben wij vooral een coachende rol.” Maar niet alleen de docent kon de studenten vrij laten werken, ook de opdrachtgever - Sander van Hooff – hoefde niet veel te doen: “Na de virtuele kick-off liep het eigenlijk als een trein. De communicatie liep vrijwel probleemloos. Ze hebben heel zelfstandig gewerkt en er zat goede progressie in.”

Wat Bas van Gestel betreft, is het voor herhaling vatbaar. “De opdrachtgever was erg tevreden, dat was mooi om te zien.” Dat kan Sander van Hooff beamen: “Het is een boven verwachting mooi product. Natuurlijk kunnen er nog wat puntjes op de i worden gezet, maar het is zeker praktisch bruikbaar.” Volgend jaar werkt het Prinses Máxima Centrum dan ook graag weer mee aan het Data Science Projecticum van Life Sciences: “Als dit de standaard werkwijze is, dan is het voor ons echt goed te doen qua tijdsinvestering en krijgen we er goede dingen voor terug.” En de studenten? Ook zij waren tevreden. Lars: “Ik vond het ook voor mijn studie een heel waardevol project. Ik zie dat dit soort apps, die kleine dataverwerkingsstappen automatiseren of optimaliseren, steeds vaker nodig zijn. Hiermee kunnen ook mensen die niets weten van coderen zelf aan de slag. Al met al een mooie ervaring dus om mee te nemen in mijn toekomstige werk.”